区分所有法第１９条では、「規約に別段の定めがない限り、その持分に応じて共用部分の負担に任じ、共用部分から生ずる利益を収取する」と定め、マンション標準管理規約でも、管理費等の金額は、「各区分所有者の共用部分の共有持分に応じて算出するものとする」として区分所有法の原則を採用しています。しかし、これはあくまで原則ですから、規約に別段の定めがあれば、専有面積割合以外の方法も可能です。例えば、管理費等を、全戸一律で規定することを妨げているわけではありません。
専有部分の床面積がほとんど同じ大きさのマンションの場合は、一律一戸○○円と管理規約に定めている管理組合もあります。しかし、住戸によって専有面積の大きさがかなり異なるような場合は、組合員の負担が公平なものとなるよう同等の面積でいくつかのタイプに分類して規定する方法など、そのマンションの状況に応じて考えることが大切でしょう。

総会の決議においては、どちらの方法も否定する根拠はありません。
ただ、マンションの長期修繕計画については概ね5年毎の見直しが推奨されていますし、社会的情勢や組合員の構成等もさまざまに変化していくものです。したがって、段階的な改定で、その時期がかなり先のものまで含むとすれば、後で、値上げ金額の妥当性や組合員の負担能力などが問題になる可能性があります。また、役員交代時の引き継ぎが十分になされなかったことで、値上げの時期や金額などが不明瞭になってしまうような問題も懸念されるところです。現実論としては、組合員からの理解の得やすさも踏まえ、改定の時期が来たときに、再度修繕計画・資金計画を検証し、都度承認決議することにした方がよいと思います。

管理費・修繕積立金の設定は規約事項なので、そのように定めれば有効になると考えてよいでしょう。
しかし、増加率に応じて計算する場合、端数の処理方法を事前に決めておく必要がありますし、また、改定後の各住戸の管理費・修繕積立金が具体的にいくらになるのか分かりづらくなる等の問題があります。
したがって、自動的に無条件で包括承認を求める定めは、好ましくありません。
消費税の増額が、管理組合の管理費会計と修繕積立金会計にどれほど影響があるかよく検証したうえで、 どうしても改定が必要とされる場合は、一般的な改定の手順を踏んで、都度総会に諮って決議する方法がよいと思います。

マンション外に居住して、役員になることのない不在組合員に対し協力金の負担を求める規約変更については、「一部の区分所有者の権利に特別の影響を及ぼすべきとき」に該当するか否かの問題が生じます。
平成22年1月26日の最高裁の判例は、ご相談の事例と同様、役員の資格に現住要件が定められていた場合について、管理組合の過去の経緯や、組合活動の活発性、協力金の金額の妥当性、すでに不在組合員の大半が協力金の支払いに応じている実態等を挙げ、規約変更の必要性及び合理性と、不在組合員が受ける不利益の程度などを比較衡量し、不在組合員の受忍限度内にあり、特別の影響を及ぼすまでとはいえないとしています。
したがって、ご相談の件については、管理組合の構成や規模、不在組合員の状況（戸数や組合活動への係わり方等）、管理費等の額等さまざまな条件により、「特別の影響を及ぼす」かの程度が変わるため、一概に当該判例に準じて、不在組合員の承諾なしに規約変更を行うことが認められるものではありません。
不在組合員に対する協力金等の定めを置く規約変更を検討する際は、規約改正委員会等を立ち上げるなどして、マンションの個別事情との関係で協力金等の負担を求めるのが適当かどうか、慎重に考えた方がよいでしょう。